Según su Estatuto la Academia está gobernada por una Comisión Directiva de Académicos con carácter ad honorem; ella está formada por dieciséis Académicos (8 titutares y 8 suplentes) elegidos por el voto de todos sus miembros residentes en el país.
Entre los ocho titulares elegidos se determinará, en votación secreta de los mismos, los cargos de: Presidente, Vicepresidente, Académico Secretario, Académico Prosecretario y Vocales.
Comisión Directiva 2020-2024
Estatuto de la Academia Nacional de Ciencias
Comisiones Directivas Históricas