Con la fundación de la Academia se comenzaron a desarrollar en el país tres actividades básicas con respecto a las ciencias, que ya se llevaban a cabo en otros países: producción de información original, registro y publicación de resultados y la transmisión del compromiso con estas prácticas a discípulos locales.

Los viajes y exploraciones que llevaron a cabo los primeros integrantes de la Academia se emplearon para acceder a las fuentes, reunir el material de base para el estudio de la botánica, la zoología, la geología y mineralogía, y su posterior clasificación y catalogación. Estas tareas permitieron realizar los primeros estudios sobre la diversidad biológica en nuestro medio.

Las publicaciones propias de la Academia permitieron registrar y dar publicidad a los resultados de las distintas investigaciones, permitiendo mantener el intercambio de obras con otras entidades similares del mundo entero, obteniendo de este modo el reconocimiento y un importante acervo bibliográfico inexistente hasta ese momento.

Los aportes al estudio de la naturaleza del país fueron de gran utilidad por el casi absoluto desconocimiento que hasta ese momento había de la mayoría de los territorios que componen en la actualidad la República Argentina. La actividad desplegada por la Academia influyó en el surgimiento y posterior desarrollo de la primera generación de naturalistas argentinos.

Al margen de la implicancia que en términos científicos tuvo la fundación de la Academia, en el plano institucional significó la primera organización de alcance nacional, con el fin de contener a los individuos abocados al estudio de la naturaleza que se encontraban dispersos en el país. Su autonomía respecto de la Facultad de Ciencias Físico-Matemáticas le permitió que el cultivo de las ciencias perdurara más allá de las orientaciones curriculares de dicha facultad. De ese modo se consolidó una tradición de estudios en esas disciplinas que ha permanecido hasta nuestros días.